Praktik otonomi menjadi sangat elitis dan tak menyentuh kebutuhan akar rumput. Otonomi hanya dinikmati oleh kelompok elite saja.
Tantangan krusialnya adalah bagaimana menyelaraskan hubungan pemerintah pusat dan pemerintah daerah agar menghasilkan sinergi, koordinasi dan interaksi yang lebih baik antar tingkatan pemerintahan.
Rangkaian implikasi negatif pengelolaan hubungan kewenangan pusat-daerah menghambat proses otonomi daerah.
Munculnya konflik kepentingan di daerah juga menunjukkan kurang memadainya pengelolaan kewenangan daerah dan antardaerah.
Elite lokal di tingkat provinsi dan kabupaten/kota tak mampu membuat program yang saling selaras dan bersinergi (kerjasama) guna mewujudkan kesejahteraan masyarakat.
Tekad menjalankan desentralisasi dan otonomi daerah belum diikuti oleh kesungguhan, komitmen dan konsistensi yang tinggi semua stakeholders terkait, baik lokal maupun nasional untuk membangun Indonesia dari daerah.
Praktik otonomi yang seharusnya ditopang penuh oleh kepemimpinan daerah yang kuat untuk mewujudkan pemerintahan daerah yang efektif tak mewujud karena pilkada langsung belum menjadi sarana yang efektif dan efisien bagi daerah untuk merekrut pemimpin yang amanah yang memajukan daerah dan masyarakatnya.
Besarnya kesenjangan ekonomi/politik antara Indonesia bagian barat dan Indonesia bagian timur, dan antara wilayah Jawa dan luar Jawa, serta masih banyaknya jumlah daerah-daerah tertinggal telah menghambat pembangunan nasional.
Pengawasan terhadap penyelenggaraan urusan yang diserahkan ke daerah tidak efektif, membuat daerah-daerah acapkali kehilangan kendali.
Selain itu, adanya perbedaan persepsi antara pusat dan daerah mengenai desentralisasi dan otonomi daerah dalam konteks NKRI (kedaerahan dan keindonesiaan) membuat pusat dan daerah seolah jalan masing-masing.
